Против Пичугина было возбуждено два уголовных дела —по обвинению в организации убийств и покушений на убийства. По первому он в 2005 году на основании обвинительного вердикта присяжных получил 20 лет колонии, а по второму в 2007 году был приговорен к пожизненному заключению.
В ходе следствия и судебных слушаний Пичугин заявлял, что дело в его отношении сфабриковано. Экс-сотрудник ЮКОСа утверждал, что в течение пяти лет, пока шло следствие и суд, сотрудники Генпрокуратуры склоняли его к даче ложных показаний в отношении акционеров и руководителей ЮКОСа, в том числе в отношении Леонида Невзлина и Михаила Ходорковского. Он уточнял, что, в частности, такие предложения ему были сделаны в апреле 2004 года, в конце марта 2005 года, в июне 2005 года, а также в июле 2007 года.
В апреле 2008 года Пичугин, которого допрашивали уже по делу Леонида Невзлина (в 2008 году был заочно приговорен к пожизненному заключению за организацию убийств и покушения на убийство, живет в Израиле) заявлял, что при его допросах применяли запрещенные препараты: "14 июля 2003 года ко мне были применены спецсредства, так называемая "сыворотка правды". По словам Пичугина, после применения спецсредств следователь задавал ему вопросы, которые касались, в частности, "Ходорковского, Касьянова, Черномырдина, Волошина и финансовых потоков между этими лицами и ЮКОСом".
"Никогда и никаких преступлений я не совершал. Никто и никогда не обращался ко мне, включая Невзлина, с просьбами, пожеланиями, заказами на совершение противоправных действий. От меня требовали дать любую негативную информацию в отношении акционеров и руководителей ЮКОСа", - заявил ранее сам Пичугин.
